Фонд редких книг был выделен из общего собрания библиотеки Тюменского университета в 2001 году. Основанием для его формирования стало наличие редких и особо ценных изданий, имеющих научное, историческое и культурное значение. Первоначально основу фонда составили 1 128 книг Александровского реального училища, переданные еще в 1934 году Тюменскому педагогическому институту – первому вузу в Тюмени, также экземпляры, отобранные из общего книгохранилища. В последующие годы фонд пополнялся находками археографических экспедиций, дарами преподавателей, частных лиц и организаций.

Общий объем фонда редких книг БМК составляет свыше 15000 экземпляров. Хронологические границы фонда охватывают XVI – XX вв. Тематика хранящихся материалов имеет универсальный характер. Большинство изданий представлено на русском языке, но кроме того имеются книги и на других европейских языках: французском, немецком, английском, испанском латинском, польском, греческом, украинском. В составе фонда – издания по различным отраслям знаний: истории, философии, экономике, политике, праву, педагогике, языкознанию и литературоведению, естественным наукам, искусству, литературе отечественной и зарубежной. Среди них – книги, редкие по художественному оформлению, репринтные, малотиражные, образцы полиграфического исполнения, переплетного искусства, миниатюрные и малоформатные.