Начало формирования музейных коллекций Тюменского университета относится к периоду его становления в 1930-е годы, когда был создан первый вуз Тюмени – Тюменский агропедагогический институт в составе трех отделений: агрономическом, химико-биологическом и физико-техническом. Именно тогда была основана первая университетская коллекция – зоологическая, и тогда же были созданы первые таксидермические экспонаты. В 1960-е годы, когда в университете началась археологическая деятельность, ученые и преподаватели совместно со студентами исторического факультета начали привозить из научно-исследовательских экспедиций и учебных практик первые археологические и этнографические находки.

Первоначально музейные коллекции и экспонаты собирались и хранились на кафедрах и в лабораториях. В последствии, когда собранные объемы стали исчисляться сотнями и тысячами, а среди найденных артефактов стали появляться поистине уникальные и раритетные находки, эти коллекции были достойно представлены на выставках и в музейных экспозициях Университета, а сами фонды были преобразованы в университетские музеи.

Всего за период с 1935 по 2018 годы в Тюменском университете функционировало несколько профильных музеев: Музей археологии и этнографии, Зоологический музей им. В.Е. Кюкена, Музей истории вуза и др. В 2018 году они были расформированы, а музейные коллекции объединены и переданы в Библиотечно-музейный комплекс, созданный с целью реализации единой политики в библиотечном и музейном деле.