Самая старейшая из сохранившихся университетских коллекций – зоологическая, ведет свою историю с 1935 года. Ее фондовое собрание включает в себя видовые коллекции млекопитающих, птиц, рептилий, амфибий и рыб, насекомых. Одна из самых значимых коллекций – таксидермическая, является крупнейшей в Тюменской области. Особое место в ее структуре занимают чучела из сборов Н.М. Пржевальского, Н.А. Северцева, И.Я. Словцова, насчитывающие уже столетнюю историю.

Наиболее значимый вклад в формирование зоологической коллекции внесли сотрудники биологического факультета ТюмГУ: заведующий кафедрой зоологии А.Д. Шаронов, заведующий кафедрой зоологии Ф.Д. Шапошников и мастер–таксидермист В.Е. Кюкен.

В 2000 г. на основе зоологического музея был создан научно-исследовательский центр с одноименным названием «Зоологический музей», получивший впоследствии имя В.Е Кюкена. Со временем он стал ведущим центром изучения биоразнообразия животного мира в Тюменском регионе. Кроме того, сотрудниками музея велась активная работа по подготовке высококвалифицированных профессионалов-таксидермистов и передачи мастерства изготовления чучел молодому поколению, о чем свидетельствует тот факт, что выпускники Института биологии ТюмГУ неоднократно становились победителями и лауреатами многих региональных, всероссийских и международных таксидермических выставок.

В настоящее время зоологический музей расформирован, а его естественно-научная коллекция, насчитывающая в настоящее время более 1300 видов позвоночных животных, передана в Библиотечно-музейный комплекс ТюмГУ.