Музей истории вуза был создан в университете в 1996 году по инициативе ректора Г.Ф. Куцева и с целью формирования предметной истории университета и ее экспонирования и презентации для обучающихся, сотрудников и гостей ТюмГУ. 

В экспозиции музея истории вуза были представлены все этапы становления и развития первого высшего учебного заведения тюменского региона – Тюменского государственного университета. Концепция экспозиции создавалась преподавателями исторического факультета (вошедшего в настоящее время в состав Института социально-гуманитарных наук ТюмГУ) под руководством профессора, д.и.н. В.А. Данилова, оформление экспозиции осуществлялось сотрудниками музея Д.Н. Макаренко и Е.И. Кочеговым.

В настоящее время коллекция по истории университета насчитывает свыше 3 тыс. единиц хранения, большинство из которых представлено документами, фотоматериалами и изданиями, связанными с историей вуза, его научной и образовательной деятельностью, материалами персональных коллекций преподавателей и сотрудников университета.

Музей истории вуза просуществовал до 2016 года, а через два года его фонды были переданы в Библиотечно-музейный комплекс.