Филиалы Тюменского государственного университета в городах Ишим и Тобольск появились в результате реорганизации трех ВУЗов региона. В августе 2013 года вышел приказ Минобрнауки РФ, предписывающий присоединение к Тюменскому государственному университету Ишимского государственного педагогического института им. П. П. Ершова и Тобольской государственной социально-педагогической академии им. Д. И. Менделеева в качестве структурных подразделений. Официальный статус филиалов ВУЗы приобрели в сентябре 2014 года.

 Реорганизация коснулась и библиотек филиалов, которые в настоящее время входят в состав БМК ТюмГУ.